微波炉在工作时，微波与光波同时以30万公里／秒的速度进行里外交错加热，温度可迅速达到120℃，相当于高压蒸气灭菌的温度。试验表明，一定强度的微波能在3分钟内杀灭大肠杆菌；6分钟内杀灭导致腹泻、结肠炎的病菌。
微波炉虽有很好的杀菌功能，但在使用时还有很多注意事项。
餐具消毒应先用湿毛巾包裹。由于微波炉内温度过高，容易将餐具烤焦，降低杀菌效果。因此，在消毒前，最好先将餐具用湿毛巾包起来，再放入微波炉中加热。
保鲜膜别接触食物。在使用微波炉对食物加热杀菌时，不要让保鲜膜直接接触食物。因为保鲜膜在高温下会融化，产生毒素，损害健康。可将食物放入大碗中，用玻璃或瓷器盖住，这样可将水汽封住，使加热迅速均匀。
牛奶、油炸物不能加热。因为牛奶中的氨基酸经微波炉加热后，一部分会转变为对人体有害的物质；而油炸物在高温下使油飞溅，导致明火。
此外，加热时间也很重要。一般情况下，餐具在高火下转1-3分钟即可达到消毒效果；清洗过的厨房抹布，只需放入微波炉中加热1-2分钟；口罩、毛巾应加热3-4分钟。这些物品在经过微波炉消毒后，最好再用清水洗一遍。最后，还要提醒大家，微波炉应放在干燥、通风的地方，炉子背部、顶部和两侧应留出10厘米以上的空隙。炉内如有异味，可用一碗醋在炉内煮沸，数分钟后异味就会消除。