蘑菇身上的不同部位，营养含量也不同。对香菇等硬柄的菌类来说，菌盖比菌柄营养丰富，最适于食用的是新鲜的较幼嫩的蘑菇子实体。
菌盖营养含量最高，而且比较嫩滑，口感好，而到末端的时候营养成分逐步减少，另外，根部也比较难烹制，所以一般把根最末端的部分剪下去，这是最理想的吃法。
在清洗时，由于蘑菇表面有黏液，泥沙粘在上面，不易洗净。可在水里先放点食盐搅拌使其溶解，然后将蘑菇放在水里泡一会儿再洗，或者放在淘米水中洗，这样泥沙就很容易洗掉；另外，洗蘑菇之前一定要把菌柄底部带着较多沙土的硬蒂去掉，因为这个部位用盐水泡过也不易洗净。
需要注意的是，蘑菇就像海绵，可以吸水。因此不要长时间浸泡。在泡干菇的时候，可不停晃动水，能让它发得更快。