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消毒柜消毒方式分高温消毒、臭氧消毒 、紫外线消毒及紫外线臭氧消毒。
高温消毒
高温消毒是电发热元件通过加热空气或产生辐射热，对食具进行直接或间接的加热，使食具表面温度达到一定的高温值，高温能使微生物的蛋白质和酶变性或凝固(结构改变导致功能丧失)，新陈代谢受到障碍而死亡，从而达到消毒的目的。所用的电发热元件绝大部分为远红外石英发热管，它所发出的红外线辐射热易于被水分子吸收，所以消毒效果较好。
臭氧消毒
臭氧消毒是通过臭氧消毒的特点是采用高压放电或紫外线将空气中的 氧分子O2电离成臭氧分子O3,再利用O3还原成O2时的强氧化作用破坏细菌的核酸物质来杀细菌。故称无污染消毒剂。
紫外线消毒
紫外线消毒是通过紫外线发生管，产生波长为254μm的紫外线，此波长的紫外线最易被微生物的细胞核所吸收，从而导致微生物细胞核破坏而死亡。
紫外线臭氧消毒
波长为185μm的紫外线能使空气中的氧分子获得能量而结合生成臭氧，利用这一原理，采用紫外线灯管照射消毒室内的空气即产生了可用于消毒的臭氧。