吃柿子虽然有很多好处，但有几点需要提醒：
空腹不能吃柿子
因柿子含有较多的鞣酸及果胶，在空腹情况下它们会在胃酸的作用下形成大小不等的硬块，如果这些硬块不能通过幽门到达小肠，就会滞留在胃中形成胃柿石，小的胃柿石最初如杏子核，但会愈积愈大。如果胃柿石无法自然被排出，那么就会造成消化道梗阻，出现上腹部剧烈疼痛、呕吐、甚至呕血等症状，曾在手术中发现大如拳头的胃柿石。如果胃“有底”的话，就可避免胃柿石的形成。
柿子皮不能吃
有的人感到吃柿子的同时咀嚼柿子皮比单吃柿子更有味道，其实这种吃法是不科学的。因为柿子中的鞣酸绝大多数集中在皮中，在柿子脱涩时，不可能将其中的鞣酸全部脱尽，如果连皮一起吃更容易形成胃柿石，尤其是脱涩工艺不完善时，其皮中含的鞣酸更多。
不要与含高蛋白的蟹、鱼、虾等食品一起吃
中医学中，螃蟹与柿子都属寒性食物，故而不能同食。从现代医学的角度来看，含高蛋白的蟹、鱼、虾在鞣酸的作用下，很易凝固成块，即胃柿石。
糖尿病人勿食
柿子中因含10.8%的糖类，且大多是简单的双糖和单糖(蔗糖、果糖、葡萄糖即属此类)，因此吃后很易被吸收，使血糖升高。对于糖尿病人而言，尤其是血糖控制不佳者更是有害的。
适可而止
柿子中的鞣酸能与食物中的钙、锌、镁、铁等矿物质形成不能被人体吸收的化合物，使这些营养素不能被利用，故而多吃柿子容易导致这些矿物质缺乏。又因为柿子中含糖较多，所以人们吃柿子比吃同样数量的苹果、生梨更有饱腹感，从而会影响食欲，并减少正餐的摄入。一般认为，不在空腹的情况下，每次吃柿子不超过200克为宜。
吃后漱口
柿子含糖高，且含果胶，吃柿子后总有一部分留在口腔里，特别是在牙缝中，加上弱酸性的鞣酸，很易对牙齿造成侵蚀，形成龋齿，故而在吃柿子后宜喝几口水，或及时漱口。